Le port de Villefranche-Santé est exploité en régie directe par les services du Département depuis 1984.
Conformément aux dispositions de la loi n° 2015-991 du 7 août 2015 portant nouvelle organisation territoriale de la République, dite "loi NOTRe ", ces deux ports demeurent départementaux. Au 1er janvier 2018, le Département a opté pour une gestion en régie à simple autonomie financière d'exploitation, constituée en service public industriel et commercial (SPIC), dans laquelle les deux ports sont gérés, intitulée " Régie des ports de Villefranche ".